做生信的你不能錯過這21款常用在線工具
做生信的你不能錯過這21款常用在線工具
1
Promoter Scan
功能：啟動子預(yù)測
網(wǎng)址：https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
2
ORF Finder
功能：ORF預(yù)測
網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
3
NCBI-BLAST
功能：序列比對
網(wǎng)址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
4
MUSCLE
功能：運行速度比較快的多序列比對
網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
5
Clustal Omega
功能：DNA、RNA、蛋白的多序列比對
網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
6
ClustalW2
功能：應(yīng)用較廣泛的多序列比對
網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
7
T-Coffee
功能：準(zhǔn)確度高,速度慢的多序列比對
網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/
8
SimiTriX-SimiTetra
功能：多序列比對相似性展示
網(wǎng)址：http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
9
Venn圖
功能：繪制Venn圖
網(wǎng)址：http://www.biovenn.nl/index.php
10
Venn圖
功能：繪制Venn圖
網(wǎng)址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl
11
Venn圖
功能：繪制Venn圖
網(wǎng)址：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
12
WEGO
功能：繪制GO注釋結(jié)果圖
網(wǎng)址：http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
13
CIRCOS
功能：繪制圈圖
網(wǎng)址：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
14
CIRCexplorer
功能：進(jìn)行circRNA分析
網(wǎng)址：http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/
15
iPath
功能：進(jìn)行可視化通路圖在線分析
網(wǎng)址：http://pathways.embl.de/
16
KEGG
功能：進(jìn)行基因的代謝通路注釋
網(wǎng)址：http://www.kegg.jp/blastkoala/
17
UCSC
功能：進(jìn)行基因組可視化
網(wǎng)址：http://genome.ucsc.edu/index.html
18
IBS
功能：進(jìn)行序列結(jié)構(gòu)示意圖繪制
網(wǎng)址：http://ibs.biocuckoo.org/online.php
19
RAP
功能：在線分析RNA-seq
網(wǎng)址：https://bioinformatics.cineca.it/rap/
20
AUGUSTUS
功能：基因外顯子內(nèi)含子，UTR,注釋
網(wǎng)址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create
21
GSDS
功能：基因外顯子內(nèi)含子，UTR,domain等區(qū)域特征展示
網(wǎng)址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
THE END
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